人质生涯，一待便是七年。
返回朝鲜没多久，兄长昭显世子去世，按照愦例，应该立昭显世子之子为王世孙。知子莫若父，仁祖知道自己这个二儿子本事大，欲立其为王世子。不合礼制，遭到多数大臣反对。这个时候，清廷帮忙了，亲清派洛兴府院君金自点支持。清廷还派内翰林弘文院大学士祁充格、礼部郎中朱世起等前往朝鲜，于顺治三年（1646年）正月初三日正式册封其为朝鲜国王世子。
李淏的韬光养晦得到了第一个回报。
后来，父亲仁祖薨了，李淏继位。当时朝中掌权的官员分为四党，分别是洛兴府院君金自点为首的洛党、原平府院君元斗杓为首的原党、金集等“山林”儒者势力为首的山党、金堉等汉城政界官僚为首的汉党。其中势力最强的是洛党。以金自点为首的洛党，最大的政治特色就是亲清，他们强制要求在所有场合都使用清朝年号。
洛党势力很大，又有满清支持，孝宗决定，继续韬光养晦。表面上将金自点等人捧得高高的，暗地里扶植自己的势力。他起用亲明的山党和汉党人士，任命金集为礼曹参判、大司宪，宋浚吉为司宪府执义，宋时烈为司宪府掌令，还召见了已经隐居的斥和派重臣金尚宪。
然后，制造舆论。接受弘文馆应教赵赟的建议，不在仁祖玉册、志石中写入清朝年号，传递出反清的信号。又开始酝酿“北伐论”，计划配合中原反清势力，武力推翻清朝，恢复明朝，一雪丁丑下城之耻。
为了试探大臣的态度，他在一次经筵中强调汉武帝能雪平城之耻，故优于汉文帝。这席话遭到在场儒臣的反对，但宋时烈等大臣却从中悟出了孝宗大王的深意，上疏提出了“修政事以攘夷狄”的主张，就是对孝宗“北伐论”的回应。
见到这道疏，孝宗放心了，朝堂上亲明的大臣还是很多的。于是，准备就绪后一举发难，将洛党领袖金自点流放，原党领袖元斗杓罢官。
接着，改革。
孝宗意识到朝鲜要想摆脱清廷的控制，必须改革，增强国力。
他推广西洋传教士汤若望所创的《时宪历》；推行代贡收米、按田结算的“大同法”；实行推刷奴婢，扩充财政；扩充军备，以李时昉为守御使，负责整顿拱卫京畿的守御厅，将其下属的牙兵改编为铳手和射手。以李浣为御营大将，负责整顿和扩充中央军御营厅，扩充至二万一千人，并在御营厅设置骑兵及炮兵。接着又拜李浣为训练大将，对另一支中央军——训练都监进行整顿和扩充，将训练都监兵由五千扩充到七千余人。将自己的禁军三卫——内禁卫、兼司仆、羽林卫合并为“内三厅”，设左、右别将以统管，同时将禁军人数由六百扩充到一千。对于地方军，实行营将制度，从中央派遣营将来训练和指挥地方军。
一系列改革引发了支持改革的汉党和保守的山党的矛盾，孝宗展现了铁腕，支持金堉为首的汉党，金尚宪、金集、宋浚吉、宋时烈等山党人士全部离开朝廷。
洛党反扑了。金自点被流放后，派心腹李馨长密告清朝，称孝宗罢黜亲清旧臣、起用斥和士人，并密谋反清，还送去了不写清朝年号的仁祖长陵志文文本作为证据。恰好此时孝宗上奏汇报“倭情”，请求允许朝鲜修筑城池、训练士兵来防备日本，同时又请求将漂流汉人船只送到倭馆，惹恼了清朝。多尔衮大怒，派祁充格等六名使臣去敲打朝鲜，史称“六使诘责事件”。
当时“人情震惧”、“朝野汹汹”，传言清兵压境。孝宗听说后也“大惊忧，达夜不寐”，仔细思索后，他决定继续韬光养晦，起用已被罢官的元斗杓为远接使，拉拢原党对付洛党。清使见其态度恭顺，便雷声大雨点小，只问了筑城一事，很快过关。接着，
清使为多尔衮提亲。没法子，韬光养晦！孝宗遂以王族锦林君李恺胤之女为自己的义女，封为义顺公主，嫁给多尔衮。
搞定了满清后，反手收拾国内的亲清派
粉碎了洛党的未遂政变，将金自点从流放地光阳押赴汉城，凌迟处死，彻底巩固了王权。接着以汉党金堉、郑太和轮流为领议政，主导政局，同时辅以原党及南人的势力。
孝宗严肃地问领议政金堉：“派往明国的密使出发了吗？”
金堉道：“臣已派宋时烈前往南京。他已辞官，即使被蛮夷抓住，也不容易暴露。
宋时烈是山党领袖，也是孝宗的第二位老师，虽然因为守旧、反对改革，被罢官，但却是铁扞亲明派。
孝宗对宋时烈的气节和人品是十分放心的，点点头道：“金卿派宋时烈去办这事甚好，宰相气度也！”
金堉笑道：“殿下，臣跟宋时烈虽然政见不同，但并无私仇，都是一心为了朝鲜”。
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